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2005년~ 현재
- 용산 시기
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2000년대
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2005. 08. 16.직제개정(교육문화교류단 신설 등 25명 증원)
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2005. 10. 28.새 국립중앙박물관 신축 이전 개관(용산)
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2006. 04. 06.직제개정(고객지원팀 신설)
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2007. 05. 22.직제개정(아시아부ㆍ보존과학팀 신설, 교육홍보팀을 교육팀과 국제교류홍보팀으로 분리신설,소속박물관 관리과를 기획운영과로 변경)
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2008. 03. 06.직제개정(박물관정책과를 기획총괄과로 변경)
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2010년대
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2010. 02. 11.직제개정(어린이박물관팀 신설, 사업기획팀과 국제교류홍보팀을 사업기획과와 국제교류홍보과로 변경)
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2010. 12. 09.직제개정(연구기획부 신설, 고고부와 역사부를 통합하여 고고역사부 신설, 사업기획과. 전시팀. 교육팀을 문화사업과. 전시과. 교육과로 변경)
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2012. 09. 07.직제개정(문화사업과와 국제교류홍보과를 통합하여 문화교류홍보과 신설)
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2013. 09. 12.직제개정(디자인팀 신설)
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2013. 11. 22.국립나주박물관 개관
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2015. 07. 20.직제개정(어린이박물관팀을 어린이박물관과로 변경)
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2015. 12. 30.직제개정(미륵사지유물전시관 신설)
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2019. 02. 26.직제개정(미륵사지유물전시관을 익산박물관으로 개편)
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2019. 05. 07.직제개정(기획총괄과와 연구기획부를 폐지하고 미래전략담당관과 박물관정보화과를 신설, 기획운영단을 행정운영단으로 변경)
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2020년대
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2020. 06. 09.직제개정(관리과, 아시아부를 시설관리과, 세계문화부로 변경)
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2020. 12. 22.직제개정(박물관정보화과를 디지털박물관과로 변경)
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